Les origines de notre ero-senin préféré sont floues. Dans sa jeunesse, Jiraya a commencé très tôt à devenir un ninja. Dès son adolescence il se rend sur la Montagne Myouboku où le Grand Sage des crapauds lui annoncera la prophétie le concernant ( il sera amené à faire un choix quand à la sauvegarde ou non du monde. Il s'avère que le Grand Sage parlait du combat que Jiji a eu avec Pein ). On peut aussi déduire que Jiraya a toujours été très proche des crapauds, que cela soit dans sa jeunesse ou par la suite, il les utilisera à maintes reprises pour se battre ( il possède le parchemin permettant d'invoquer des grenouilles ) .
Encore apprenti ninja il rentre dans une équipe qui deviendra plus tard légendaire. Jiraya est en effet l'un des trois sannin (avec Orochimaru et Tsunade) et leur Sensei n'était autre que le Légendaire Sarutobi, le 3 éme Hokage de Konoha. Notre Ero-senin a toujours eu un faible pour Tsunade mais il a toujours essuyé échecs sur échecs. De surcroît, dans sa jeunesse comparé à Orochimaru, Jiraya n'est qu'un bien piètre ninja. De ce fait il semble indéniable que Kishimoto
ait voulu faire le personnage de Naruto et celui de Jiraya sur des bases identiques. Mais tout deux, malgré leurs défauts, sont des ninjas de talent.
En grandissant, Jiraya se perfectionne dans tous les domaines au niveau du combat, mais sa mentalité reste la même ( pervers ). Aussi lors de ses moults périples avec l'équipe " Légendaire", nos trois ninjas exceptionnels perdent une bataille lors de la grande guerre Ninja face à un dénommé Hanzou. A la suite de quoi Jiraya prit trois orphelins pour disciple. Il s'agit de Yakiho, Konan et Nagato. Il les entrainera durant 3 ans jusqu'à ce que ces derniers puissent être indépendants. Par la suite, il retrouvera deux de ces derniers lors d'un combat épique où il perdra la vie.
Outre ces élèves, Jiraya sera le Sensei du célébre 4ème Hokage: Minato Namikaze. Eleve avec lequel il se liera d'amitié, c'est lui qui donne le nom de Naruto au fils de ce dernier, ce qui fait de lui son parrain.
Mais après la guerre de Konoha (12 ans avant la naissance Naruto) il décide de ne plus se mêler des affaires des autres et de devenir ermite. Il ira donc de pays en pays, parcourant sans cesse les contrées de ce monde, et devenant un combattant de plus en plus exceptionnel. Par ailleurs il consacrera sa vie à écrire des romans un tantinet pervers ( Paradis du batifolage ... ).